ERM on ajalooliselt täitnud kahte ülesannet, olles ühelt poolt etnoloogilise ainese säilitamise ja tutvustamise koht, teiselt poolt aga oluline etnoloogilise uurimistöö keskus. Muuseumi teadustegevuse eesmärk on suuresti olnud muuseumis säilitatava ainese mõtestamine ja tõlgendamine. Olulisemad uurimissuunad on: eesti traditsiooniline ja kaasaegne (tänapäeva ja lähimineviku kultuuriprotsessid) kultuur, etnilised rühmad Eesti territooriumil (nt setud, rannarootslased), eesti diasporaa nii idas kui läänes, soome-ugri kultuurid (arktilised rahvad, Volga-äärsed rahvad, läänemeresoomlased).

Soome-ugri uurimissuund on olnud üks muuseumi tugevamaid külgi, mis on viimastel aastatel kõige enam aidanud elavdada ka rahvusvahelist koostööd. ERM teeb tihedat koostööd teiste soome-ugri kultuuride uurijatega Eestis (Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Viljandi Kultuuriakadeemia). Head kontaktid on ERMil ka mitmete soome-ugri muuseumide ja uurijatega Venemaal, samuti läänepoolsete kolleegidega, kes osalevad ERMi konverentsidel ja avaldavad oma artikleid ERMi väljaannetes.